紐約市的夜晚出現了一個神秘的「夜行俠」，他成了紐約市民討論的話題，忍者龜們也不例外，但拉斐爾卻總是來去匆匆，也鮮少加入「夜行俠」的討論，而他總堅持「夜行俠」是正義的使者。

另一方面，紐約富豪麥克斯溫特斯正積極收集古文明的石雕像，而替他搜尋古物的人便是忍者龜的好夥伴─愛波歐尼爾。後來富豪麥克斯溫特斯不止雇用了愛波為他搜尋古物，也找了一群忍者為他在城市中執行神秘的搜尋行動，他要忍者們探尋城市中一切的奇異事件，忍者們的美麗女隊長─卡拉，試圖要詢問溫特斯是何種奇異事件？溫特斯卻沒有給答案。後來溫特斯找回了傳說中四個戰士將軍的石雕像，並藉著科技與魔法，讓他們由石雕像中釋放重生。在忍者女隊長卡拉對此感到疑惑的同時，溫特斯也宣告除了4位將軍，還會有另外13隻怪物的出現，並且要卡拉帶領底下的忍者們和四位將領合作抓回這些怪物。

當城市的奇異事件接連發生的同時，忍者龜們也面臨一場家庭風暴。當李奧納多獲得老鼠師父的認可並授與一個古老獎章，繼續更高深的訓練，其他忍者龜們卻都無心於訓練。李奧納多一直想激起大家的鬥志，拉斐爾卻對此感到不滿，他認為李奧納多總是想當老大，處處插手兄弟們的生活。

有一晚愛波的男友─凱西外出透氣，卻意外碰上了神秘的「夜行俠」，揭露了忍者龜拉斐爾就是「夜行俠」的秘密，他們更同時目擊了石頭將軍的出現，這些石頭將軍就是愛波為溫特斯搜集的古文物！因此大家紛紛查覺溫特斯收集文物只是個藉口，其實背後還有更大的陰謀。而石雕將領在當晚的執行任務中，把忍者龜李奧納多視為怪物，將他逮捕回溫特斯的牢房。不能即時拯救兄弟的拉斐爾感到非常自責，決心放棄「夜行俠」的身份，重回忍者龜的團隊。同時，其他人也發現當晚就是傳說中特定星象排列將要發生的時刻，而地點就在紐約的溫特斯大廈。於是大家團結一致，決定展開拯救李奧納多的行動。

溫特斯此時正在大廈裡等待神聖的時刻來臨，就在星象就定位的同時，地下的秘密牢房瞬時陷入地底，發出強光，構成了傳說中通往異次元世界的通道。但本該一起發光的十三個牢房卻出了差錯，溫斯特和將領們這時才發現抓錯了對象，他們抓到了忍者龜李奧納多，卻遺漏了最後一個怪物！大家在此時闖入牢房，拉斐爾救出了李奧納多，愛波也對溫斯特宣告他們發現了他想重建三千年前葉圖帝國的陰謀。愛波和忍者龜們有辦法抓第十三隻怪物並且阻止這一切惡勢力繼續擴張嗎？